В июне 2000 года в ОКБ был создан отдел госпитальной эпидемиологии. Основной задачей отдела является организация и внедрение в практическую деятельность больницы действенного эпидемиологического надзора (эпиднадзора) и соответствующих его результатам эффективных мероприятий. Основой для разработки системы эпиднадзора стала Концепция профилактики внутрибольничных инфекций в Российской Федерации 2000 года и другие регламентирующие документы.

Приоритетным направлением остается организация системы мероприятий, направленных на снижение заболеваемости, летальности и экономического ущерба от госпитальных инфекций. Большое внимание специалистами отдела уделяется вопросам эпидемиологического надзора за такими социально значимыми инфекционными заболеваниями как туберкулез, парентеральные вирусные гепатиты, ВИЧ, дифтерия и другие. Функции отдела предусматривают проведение предупредительного внутриведомственного санитарно-эпидемиологического контроля, анализ внутрибольничной заболеваемости, разработку и организацию проведения противоэпидемических мероприятий, обучение медицинского персонала клиники вопросам инфекционной безопасности.

В основу деятельности отдела положен профильный принцип работы. Проводятся комплексные целевые проверки в отделениях больницы, с последующим обобщением и анализом эпидемиологической ситуации и санитарного фона.

За десять лет работы в отделе создана достаточная нормативная база (регламентирующие документы и т.д), большое внимание уделяется профессиональной подготовке специалистов. Отдел оказывает организационно-методическую помощь районам Омской области, ежегодно на базе отдела проходят интернатуру по госпитальной эпидемиологии выпускники медико-профилактического факультета Омской государственной медицинской академии.

Руководит отделом со дня его основания врач эпидемиолог первой квалификационной категории Ковтунова О.Ф.

В год 90-летия ГУЗОО ОКБ отделу госпитальной эпидемиологии больницы исполняется 10 лет. Перед отделом стоят большие задачи по оптимизации и совершенствованию эпидемиологического надзора в больнице, укреплению кадрового потенциала, практической и научной деятельности.